در پی فرمان رهبر کبیر انقلاب اسلامی حضرت امام خمینی (قدس سره) در سال ۱۳۵۹ مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، این ستاد به منظور تحقق بخشیدن به اهداف انقلاب فرهنگی، جهاددانشگاهی را بعنوان یک نهاد انقلابی و برخاسته از انقلاب فرهنگی تأسیس نمود.با تبدیل ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه این نهاد در سال ۱۳۶۵ مورد تجدیدنظر واقع شد و ایجاد و گسترش تشکیلات آموزشی براساس قوانین و مقررات آموزش عالی جزء وظایف این نهاد قرار گرفت.در این راستا و جهت تحقیق بخشیدن به این وظیفه، مؤسسات آموزش عالی غیرانتفاعی و غیردولتی جهاددانشگاهی تأسیس گردید. جهاددانشگاهی واحد صنعتی اصفهان نیز باتوجه به مجموعه تجارب و پتانسیل‌های موجود در سال ۱۳۷۲ موفق به اخذ مجوز راه‌اندازی مؤسسه آموزش عالی غیرانتفاعی و غیردولتی از وزارت علوم شد.